تهدف كلية الصيدلة إلى تخريج صيادلة لديهم أسس علمية متينة  ، ومعلومات ومهارات وخبرات قيمة تؤهلهم للعمل في المجال الأكاديمي والصحي والصناعات الصيدلية , كما تهدف إلى التطوير المستمر لأداء خريجيها والارتقاء بمستوى الأبحاث لكسب ثقة المجتمع المحلي والعالمي

تهدف الكلية إلى إعداد الصيادلة وتأهيلهم في الاختصاصات والمهن الصيدلانية، والإسهام في دورات التأهيل والتدريب والتعليم المستمر في مجال الصيدلة وما يتفرع عنه، وتحقيق التعاون العلمي بين الكلية ومختلف كليات الصيدلة العربية والأجنبية.

وفي مقدمة أهداف الكلية:

1.    إعداد الصيادلة وتأهيلهم في الاختصاصات والمهن الصيدلانية من خلال صيدلة الإنتاج والخدمات.

2.    تطوير وسائل البحث والتعليم وتوفير المؤلفات العلمية في مجال الصيدلة وما يتفرع عنه.

3.    الإسهام في دورات التأهيل والتدريب والتعليم المستمر في مجال الصيدلة وما يتفرع عنه.

4.    تشجيع مختلف النشاطات الطلابية، والعمل على تربية شخصية الطالب العلمية وتوجيهه نحو الاختيار الأمثل للفعالية التي سيمارسها.

·       جعل اختيار الطلبة يتناسب مع  الموهبة

·       تنمية اخلاق العمل الجماعي

·       تقوية الاتجاه نحو العمل الصناعي الصيدلاني

·       خلق فرص الاشتراك في الدورات العلمية والمهنية قطريا وعربيا ودوليا

·       بث روح الابداع في الطلاب وزرع روح التفاني في حب العمل

·       تحفيز الطلاب على تدعيم مسيرة التحديث والتطوير من خلال السماح لهم بطرح الأفكار العلمية الجديدة

5.    تحقيق التعاون العلمي بين الكلية ومختلف كليات الصيدلة العربية والأجنبية.

6.    ترسخ فكرة التكامل القوي على مبدأ ربط الجامعة بالمجتمع